پروانه انتشار 4 عنوان از مجلات علمی پژوهشی دانشگاه مجازی المصطفی صلی الله علیه و آله از سوی وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی جمهوری اسلامی ایران صادر شد.
- مجله الحکمة و المعنویة: این مجله در زمینه اجتماعی فرهنگی به دو زبان فارسی و عربی با گستره سراسری و به صورت دوفصلنامه منتشر می شود.
- پژوهش نامه صبا: این مجله در زمینه اجتماعی فرهنگی به زبان فارسی با گستره سراسری و به صورت دوفصلنامه منتشر می شود.
- پژوهش نامه اسلامی: این مجله در زمینه فرهنگی به دو زبان انگلیسی و آذری با گستره سراسری و به صورت دوفصلنامه منتشر می شود.
- خوانش های فقهی حقوقی: این مجله در زمینه اجتماعی فرهنگی به زبان فارسی با گستره سراسری و به صورت دوفصلنامه منتشر می شود.
همچنین مجله pure life دانشگاه مجازی با مجوز وزارت علوم، تحقیقات و فناوری جمهوری اسلامی ایران به صورت فصلنامه و به زبان انگلیسی از سال 2015 میلادی تا کنون در حال انتشار است.