این معاونت دارای دو اداره است و دو وظیفه را در دانشگاه مجازی المصطفی عهده دار می باشد: امور مالی و شهریه، و پشتیبانی و خدمات.

تمامی فعالیت های مالی به ویژه امور مربوط به شهریه دانشجویان و متقاضیان تحصیل در دانشگاه در این معاونت انجام می‌شود. این معاونت با ایجاد درگاه پرداخت اینترنتی شهریه، امکان انتقال پول به صورت ریالی و ارزی را برای دانشجویان تسهیل نموده است. آن دسته از متقاضیانی که به هر دلیل امکان پرداخت آنلاین شهریه را ندارند، می توانند با مراجعه به نمایندگی های المصطفی در کشور خود، شهریه را به صورت حضوری پرداخت نموده و رسید آن را برای این معاونت ارسال کنند.

کلیه امور مربوط به بودجه سالانه دانشگاه، ثبت و تنظیم قراردادهای همکاری، تهیه گزارشات مالی و حسابداری، امور رابطین مالی دانشگاه، پیگیری و دریافت شماره حساب های بین المللی، برگزاری جلسات کمیته شهریه، نیز در این بخش از معاونت اداری مالی پیگیری و انجام می شود.

بخش دیگری از فعالیت های این معاونت به امور پشتیبانی، تاسیسات و ارائه خدمات اداری به کارمندان دانشگاه و مراجعه کنندگان اختصاص دارد.